Sistem farmakovigilance organizuje se u skladu sa smjernicama Dobre prakse u farmakovigilanci.

Dobra praksa u farmakovigilanci predstavlja smjernice za obezbjeđenje kvaliteta u planiranju, organizovanju i sprovođenju postupaka vezanih za prikupljanje, obradu i procjenu podataka o bezbjednosti lijeka sa ciljem zaštite zdravlja ljudi i životinja (EudraLex- Volume 9-Pharmacovigilance guidelines).

Institut vrši kontrolu sistema farmakovigilance nosioca dozvole za lijek u sprovođenju Dobre prakse u farmakovigilanci. Poslove inspekcijskog nadzora vrše inspektori nadležni za oblast ljekova za humanu upotrebu i veterinarskih ljekova i to: farmaceutski inspektor u odnosu na ljekove u proizvodnji, prometu ljekova za humanu upotrebu na veliko, kliničko ispitivanje ljekova, kao i primjenu smjernica Dobre proizvođačke prakse, Dobre prakse u distribuciji ljekova, Dobre prakse u farmakovigilanci i Dobre kliničke prakse.